يشهد نفق السكة الحديد بمدينة كوم أمبو إرتفاع منسوب المياة الجوفية بصورة واضحة إضافة الي ظهور بوادر نشع في نهاية الأنبوب من الجهة الشرقية من النفق ، علي الرغم من عدم مرور أكثر من سنتين منذ إفتتاح النفق الذي إستمر العمل به أكثر من خمسة سنوات متواصلة .
و السؤال الذي يطرح نفسه هنا ما الذي أدي الي ظهور المياة الجوفية داخل النفق الذي كان أحد أمنيات أبناء كوم أمبو و يبدو إن هناك خلال واضح في عملية إنشاء النفق و في المواصفات الإنشائية فهناك الكثير من الأنفاق المماثلة تم إنشائها منذ عشرات السنين و لم يظهر بها ما ظهر واضح في نفق كوم أمبو و الأمر يتطلب تدخل عاجل و سريع و تشكيل لجنة لمعرفة سبب ظهور النشع و المياة الجوفيةبصورة متكررة قبل فوات الاوان .